人類為唯一宿主，感染腸病毒潛伏期平均約3-5天，在出現症狀前2~3天到症狀出現後1~2週都可從呼吸道、口腔分泌物排出病毒﹔在數月後糞便仍有病毒存在還具有感染力，病人在發病前數天已具有傳染力，在發病後7天之內傳染力最強。

在人類的呼吸道持續生存約1-3週的時間;則在腸胃道可以存活更長達3-8 週之久，經由糞口或飛沫為主要傳染途徑，在溫暖天氣下非常活潑，亞熱帶地區的台灣一年四季，皆有腸病毒的發生，流行的高峰期為春夏季，每年之的四月到七月(根據衛生署資料統計顯示，台灣每年5月到6月、9月到10月，都是腸病毒的好發季節)。

在大多數腸病毒感染者(成年人或年齡較大的幼童 )，並不會產生明顯的症狀，甚至沒有症狀，如有症狀，最常見是發燒或類似一般感冒的症狀，因此常常被忽略而又藉機傳染給嬰幼兒。自民國八十七年台灣地區腸病毒流行時，為人父母所恐慌之腸病毒為『71型』，當年造成兒童致命高達78名，因此大家才慢慢認識這一大群之腸病毒。大多數的腸病毒感染只有少部份有併發症的，甚至有高達五至八成的患者是不會有特殊症狀，其手足口病與泡疹性咽峽炎則是腸病毒的最常見病徵。

臨床症狀：
1.發燒: 腸病毒感染是兒童發燒常見的病因。發燒是主要症狀，其他如
不安、無力、食慾不佳、嘔吐、腹瀉、出疹、咳嗽等也可出現，通常
在數日內康復。
2.無菌性腦膜炎: 常由 B型克沙奇病毒及伊科病毒感染造成。潛伏期
3-6天，會出現煩躁不安、疲倦無力、頭痛、怕光等。
3.病毒性腦炎:大部份由A型克沙奇病毒感染造成。
4.脊髓炎: 大部份由小兒麻痺病毒與腸病毒71型感染。
5.心肌炎: 1/3以上的心肌炎病患是由B型沙奇病毒造成，致命率較高。
初期類似上呼吸道感染，除發燒、倦怠、肌肉疼痛外，還有微喘、呼
吸困難、甚至心悸等現象產生。
6.急性出血性結膜炎（acute hemorrhagic conjunctivitis）: 大部份
由腸病毒 70型、A24型克沙奇病毒感染造成。
7.新生兒感染 : 常見是伊科病毒及B型克沙奇病毒感染造成，各種年
齡層皆可能感染，但以3歲以下的嬰幼兒為高危險群，併發症發生率亦較高。
8.手足口病（hand-foot-and-mouth disease）、泡疹性咽峽炎（herpangina）:
腸病毒的症狀多以泡疹性咽狹炎及手口足症為主，其中腸病毒71型
的疹子較小需仔細觀之，疹子大多不癢不會結痂。

腸病毒目前尚無特殊治療藥物，僅能症狀治療，但須小心併發症之發生:
1.中耳炎：高燒不退（三天以上）、耳朵極癢與疼痛。
2.肺炎：高燒不退又伴隨咳嗽加劇、食慾減退、呼吸急促
3.鼻竇炎：黃綠色的濃綢鼻涕，又伴隨咳嗽、鼻塞、發燒等症狀。
4.腦膜炎：頸部僵硬、嚴重頭疼、嘔吐、怕光、意識不清。

若有以下症狀應盡快就醫:持續發燒、抽筋（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉抽搐）、嘔吐、食慾不振、呼吸急促、心跳急促或不規律、嗜睡、意識不清、活力不佳、胃口變差、全身無力、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺等。
目前僅有小兒麻痺病毒有疫苗能對抗，由於腸病毒種類眾多，感染一種之後有可能再次感染不同型的病毒，故可能每年都感染或一年感染多次，無法得過一次以後終身免疫，故應落實預防之道以杜絕其傳染途徑，減少腸病毒入侵。